Les cellules de l'organisme possèdent à leur surface des protéines du CMH (Complexe Majeur d'Histocompatibilité). Chaque molécule du CMH présente aux autres cellules un peptide du soi (peptide = courte chaïne d'acides aminés). La double reconnaissance du CMH et du peptide du soi par les cellules de l'immunité permet à la cellule d'être reconnue comme appartenant au soi biologique de l'individu.

Le modèle ci dessous est celui d'une molécule du CMH présentant un peptide du soi. Chaque atome est représenté par une sphère (les atomes d'hydrogène ne sont pas affichés)

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